Préfecture de l’Yonne, située en plein cœur d’une région vinicole, la ville connaît essentiellement une activité tertiaire.
Auxerre constitue le principal pôle commercial du département, devant Sens au Nord et Avallon au Sud. L’agglomération pèse 400 millions d’euros de chiffre d’affaires, le premier pôle étant celui du centre commercial des Clairions, situé au Nord de la ville. Le centre d’Auxerre constituant le deuxième pôle avec environ 600 commerçants, y compris les services et l’artisanat. 
Le centre des Clairions, construit dans les années 1990, s’est développé autour d’un Géant Casino et comprend des enseignes telles que Conforama, Darty, Décathlon. Cette zone fait actuellement l’objet d’un agrandissement pour attirer des surfaces entre 400 et 2000 m². « Dans le cadre de ce projet, la municipalité a voulu travailler en concertation avec l’association de commerçants les Vitrines d’Auxerre », indique Anne-Lise Niederberger, chargée de mission en développement économique de la ville.